Я не уверен, что получаю вопрос, но вот удар: вам нужно настроить сеанс так же, как в сценарии, который вы вызываете из ajax, как вы делали на главной странице. Например, у меня есть один файл, который я «включаю» на своей главной странице, и все, что я вызываю с этой страницы, используя ajax.
Итак, вершина моего index.php имеет
<?php include "db.php"; ?><!DOCTYPE...
то же самое в верхней части моего файла ajax_helper.php
<?php include "db.php"; ?>
Файл db.php содержит команды запуска mysql, session_start и все остальное, что будет общим для всех страниц сайта. Таким образом, сеанс работает где угодно.
Я надеюсь, что это имеет смысл и отвечает на ваш вопрос