Я мог бы предложить вам использовать Java WebStart , что позволит вам указать целевую версию J2SE в файле JNLP. Или же; всегда выполняйте правильную версию "java.exe" в разделе "Program Files" по абсолютному пути.
Вам не нужно устанавливать CLASSPATH для JRE (и не должно быть в современной JRE). JRE автоматически имеет собственный путь загрузки. CLASSPATH используется вашим приложением.
Обычно вам не нужно устанавливать JAVA_HOME , если ваше приложение не ищет ресурсы из JDK \ lib \ (например, tools.jar, который содержит компилятор)
Но я не уверен, в чем твоя проблема.
Вы запускаете клиентское приложение (свинг)? Два Java-процесса для предоставления услуг? или два приложения совместно используют один и тот же сервер приложений Java?