Проблема в том, что вы переопределяете шаблон ControlTemplate без какого-либо визуального дерева в нем:
<Style x:Key="comboBoxStyle" TargetType="{x:Type local:PASCustomComboBox}">
<Setter Property="Template">
<Setter.Value>
<ControlTemplate TargetType="{x:Type local:PASCustomComboBox}">
<ControlTemplate.Triggers>
<Trigger Property="local:PASCustomComboBox.IsEnabled" Value="false">
<Setter Property="Background" Value="Red"/>
</Trigger>
</ControlTemplate.Triggers>
</ControlTemplate>
</Setter.Value>
</Setter>
</Style>
Вам понадобятся триггеры в стиле вместо элемента controltemplate:
<Style x:Key="comboBoxStyle" TargetType="{x:Type local:PASCustomComboBox}">
<Style.Triggers>
<Trigger Property="local:PASCustomComboBox.IsEnabled" Value="false">
<Setter Property="Background" Value="Red"/>
</Trigger>
</Style.Triggers>
</Style>