Какую реализацию JPA вы используете?
В Hibernate это контролируется свойством конфигурации "hibernate.hbm2ddl.auto"; То есть: "hibernate.hbm2ddl.auto = update" обновит вашу схему в соответствии с вашими аннотациями. Документация немного загадочная, но вы можете найти ее здесь: http://docs.jboss.org/ejb3/app-server/reference/build/reference/en/html/entityconfig.html.
В TopLink это управляется свойством конфигурации toplink.ddl-generation. Для EclipseLink я думаю, что это «eclipselink.ddl-generation.output-mode» - но я не использовал это в течение очень долгого времени, так что вы захотите проверить.
Как правило, в документации это поведение называется «генерация DDL»; если вы используете реализацию JPA, отличную от Hibernate или TopLink, вы можете использовать эту фразу в Google и название вашей реализации, чтобы приблизиться.