У обоих есть свои плюсы и минусы.Если у вас будет много (более 100) небольших файлов, хранение их в SQLite может быть полезным для кэширования и поиска.Если у вас есть только несколько небольших файлов или они имеют большой размер (более 1 МБ каждый), хранить их в отдельных файлах будет проще и быстрее.