Я не знаю, есть ли способ автоматизировать фактическую функциональность импорта самого приложения QuickBooks. Вы, безусловно, можете импортировать файлы IIF в свой код .NET, а затем отправить данные в QuickBooks через SDK.
QuickBooks имеет импортный комплект IIF, который вы можете скачать. В нем вы найдете подробную информацию о формате файла вместе с примерами файлов IIF. Сейчас у меня нет QuickBooks, но вы можете найти ссылку для загрузки, выполнив поиск IIF в онлайн-справке QuickBooks.
Если это не отвечает потребностям вашего клиента, вы можете публиковать сообщения на форумах Intuit Developer Network . Они должны быть в состоянии ответить на вопрос окончательно.