Добавьте параметр командной строки в дочерний процесс следующим образом:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,server=y,address=9999
(вы можете использовать номер порта, отличный от 9999, вам решать, но лучше выбрать номер выше 1024)
Затем в Eclipse создайте конфигурацию отладки типа «Удаленное приложение Java».Установите для хоста значение localhost, а для порта - 9999.
В этой статье developerWorks содержится много дополнительной информации.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Кстати, для большей гибкости при указании командной строки иокружение вашего дочернего процесса, используйте класс java.lang.ProcessBuilder
вместо Runtime.exec(...)
.