Я бы рекомендовал запускать приложение в качестве службы Windows. Вы можете использовать услугу «обертка», как предложено Romain.
Кроме того, вы можете использовать Tomcat. Tomcat для Windows включает два двоичных файла: tomcat.exe и tomcatw.exe.
tomcat.exe можно использовать для установки приложения в качестве службы Windows, а tomcatw.exe - для настройки указанной службы.
Эти двоичные файлы раньше включались в проект Apache Commons Daemon как нечто, называемое procrun. Тем не менее, я думаю, что проект может быть несуществующим. Документация все еще существует, хотя. Вот ссылка:
http://commons.apache.org/daemon/procrun.html
Я смог использовать этот подход с некоторым успехом. Я, возможно, смогу предоставить дополнительную информацию, если у вас есть вопросы по этому поводу.