Как искать через pubmed с помощью R, как это возможно с Ruby?

Question

Я только что пришел с помощью функции Ruby

ncbi.esearch_count

Используется в недавнем сообщении здесь (относительно использования слова noval в публикациях) , используется для поиска в pubmed .

И мне интересно, как это можно сделать с помощью R (возможно, с помощью Rcurl или других библиотечных (XML) функций)?

Спасибо.

Answer 1

Есть статья Дункана Темпла Ланга, возможно, декана веб-служб R, которая, по-видимому, предназначена для журнала статистического программного обеспечения, иллюстрирующая доступ к PubMed с помощью RCurl. Я могу найти его только на веб-сайте Omegahat:

"R как веб-клиент - пакет RCurl"

Answer 2

Функция Ruby является частью библиотеки BioRuby , которая предоставляет оболочку для NCBI EUtils . Было несколько кратких обсуждений в списке рассылки R Bioconductor, касающихся обертки для R, но я не думаю, что это никуда не делось.

Можно использовать EUtils, используя RCurl и XML, как вы предлагаете. Вы создаете правильный URL-адрес запроса, извлекаете результаты, используя RCurl, и анализируете, используя XML. Я бы рекомендовал прочитать документацию по второй ссылке, чтобы узнать подробности об URL; это не очень сложно. Тем не менее, я не думаю, что существует чистый EUtils-эквивалент очень полезного BioRuby esearch_count ().

РЕДАКТИРОВАТЬ: может быть неправильно в этой последней точке, есть EGQuery .