Чистая теория заключается в том, что вы не должны помещать файлы, которые вы можете восстановить, в систему контроля версий. Поскольку вы можете воссоздать эти файлы, используя autoreconf -i или аналогичный, это применимо в этом случае.
Причина, по которой многие люди все еще делают это (помимо, возможно, невежества), заключается в том, что это может создать значительную дополнительную нагрузку на разработчиков. Если, скажем, у вас более крупный проект с открытым исходным кодом с десятками разработчиков и сотнями заинтересованных подписчиков, у каждого будет установлена другая версия autoconf, automake, libtool, autopoint и т. Д. В простых случаях это не должно иметь значения. На практике это так, и это может создать серьезные головные боли и отвлечь потенциальных участников проекта.
Таким образом, в качестве практического компромисса, поскольку эти файлы на самом деле меняются очень редко, если у вас очень сложные настройки, вы можете просто проверить их в любом случае.