Просто измените расположение вывода в свойствах проекта. Обычно мои проекты расположены так:
Root
Applications
Project A
Libraries
Project B
Project C
А затем построить до ..\..\Bin\
для Debug и Release, который помещает Bin прямо под Root. Я делаю это потому, что если библиотеки GAC не используются, они все равно копируются локально, поэтому я предпочитаю хранить их все в одном месте.