Согласно справочной странице JDB "-classpath" входит в число "опций, пересылаемых процессу отладки". Другими словами, он не сообщает jdb, где искать вещи, он сообщает отлаживаемому приложению, где искать вещи.
Поскольку вы подключаетесь к запущенному процессу, это не имеет никакого смысла.
Вся информация, необходимая для отладки процесса, хранится в файлах DEX на устройстве; вам не нужны файлы jar / dex на стороне хоста для работы с jdb. Единственное, что не работает - это «список», но если вы сидите в emacs, вероятно, вам это не нужно.
Я успешно использовал jdb для выполнения всевозможных задач отладки. Чаще всего я забываю о том, что вам нужно указывать полное имя класса (например, java.lang.String, а не просто String). Если вы делаете это и по-прежнему получаете ошибки, вставьте пример сеанса отладки jdb здесь.