Средство просмотра хранилища данных (на панели инструментов GAE) позволит вам сделать это, но это немного болезненно, если у вас много сущностей. Вы можете удалить их только двадцать раз.
Альтернативой является создание новой модели с тем же именем и создание обработчика, который удаляет их с помощью кода.