Да, они в ИЛ - запустите Отражатель и вы их увидите. Если они не окажутся в IL, вы не сможете создать против них библиотеки. (И да, вы можете ссылаться на файлы .exe, как если бы они были библиотеками классов.)
Однако все это решается один раз в JIT.
Сохраняйте имена для чтения , чтобы вы могли сохранить код в будущем. Проблема с производительностью вряд ли изменит какую-либо измеримую разницу, и если вы хотите запутать свой код, не делайте этого на уровне исходного кода (где вы тот, кто прочитайте код) - сделайте это с помощью специального обфускатора.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Что касается того, что включено - почему бы просто не запустить Reflector или ildasm и узнать? Из памяти вы теряете имена локальных переменных (которые находятся в файле pdb, если вы его создаете), но это все. Имена частных методов и имена частных переменных все еще там.