До тех пор, пока исключение, выданное EntityManager, не помечает транзакцию как только откат (LockTimeoutException является одним из таких примеров, однако PessimisticLockException нет), вы можете продолжать обрабатывать вещи в текущей транзакции.
Если TX помечен как только откат, вам нужно будет спасти TX, а затем повторить все, что вы пытались - до того, как произошла ошибка в TX, и продолжить.
Если вы собираетесь работать с JPA, возможно, у вас есть хороший кандидат на DELETE или UPDATE jpql-запрос.