Вы пробовали запустить установку пакета после удаления Gemfile.lock?
rm Gemfile.lock
bundle install
Ваша конфигурация Gemfile должна работать, я смог использовать ее для, и моя команда установки пакета выполняется так же, как и моя команда списка пакета.
Мое другое предложение - удалить каталоги ~ / .bundler и .bundle и проверить, правильно ли настроен git.