Полагаю, это какая-то древовидная структура родитель-потомок.
Тег Ассоциации используется для обозначения "этого ключа" и "другого ключа".
Вашему классу AttributeNode требуетсяСвойство Id, чтобы сказать, какой его родитель.
Вам нужно
[Key]
public int Uid { get; set; }
public int ParentUid { get; set; }
[Include]
[Association("AttributeNode_AttributeNode", "Uid", "ParentUid")]
public List<AttributeNode> Children { get; set; }