Если вы посмотрите на код regionprops (подфункция ComputeEllipseParams), вы увидите, что они используют второй момент для оценки радиуса эллипсоида.Это очень хорошо работает для элементов в форме эллипсоида, но не очень хорошо для элементов с отверстиями.Второй момент увеличивается, если вы удаляете пиксели вокруг центроида (кстати, почему они создают двутавровые балки).Таким образом, чем больше «дыра» в середине вашего изображения, тем больше видимый радиус эллипсоида.
В вашем случае вам может быть лучше использовать свойство extrema regionprops и вычислитьсамый большой радиус оттуда.