Я использую Eclipse с 64-битной виртуальной машиной. Однако я должен использовать Java 1.5, потому что в Java 1.6, даже 1.6.0_10ea, Eclipse зависал при изменении .classpath-файла. В Linux у меня были те же проблемы, и я мог только заставить 64-битный Eclipse работать с 64-битной Java 1.5.
Проблема, похоже, связана с своевременной компиляцией, так как с vmparam -Xint eclipse работает - но это не решение, потому что тогда оно медленное.
Edit:
С 1.6.0_11 похоже работает.
1.6_10 final может работать так же, как упомянуто в комментарии, но я не проверял это.