Я бы сказал, что да, у вас должны быть разные коды обновления для двух инсталляторов, если вам не требуется, чтобы они были одинаковыми.
Один сценарий, который я могу придумать, где могут пригодиться соответствующие коды обновления, - это если вы ранее поставляли только версию x86, которую можно было установить как в 32-разрядных, так и в 64-разрядных операционных системах. В таком случае наличие версии x64 с тем же кодом обновления позволит вам легко выполнять обновления с более старой версии x86 до новой версии x64 в 64-разрядных операционных системах.
Edit:
Я забыл упомянуть, что вы также можете использовать свойство "Msix64" для определения битности. Также нет необходимости добавлять условие установки в версию x64, так как попытка установить его в 32-разрядной ОС приведет к сообщению об ошибке от службы установщика Windows.
В настоящее время я использую только одно условие в x86-версии установщика
<Condition Message="You are attempting to install the x86 version in a 64-bit OS">NOT Msix64</Condition>