Для приложений iOS вам просто нужно отправить заархивированный .app, того же .app, сгенерированного Xcode, достаточно, нет необходимости помещать его в IPA перед его архивированием.
Для приложений Mac OS X (Mac App Store) вам необходимо отправить PKG, сгенерированный с помощью команды Xcode Organizer Share / Save To Disk….
В качестве альтернативы, вы можете использовать команду Build And Archive и отправить ее через окно Xcode Organizer ..., как указывает другой пользователь.