Единственным официальным вариантом Linpack, который можно использовать для сравнения TOP500, является HPL - высокопроизводительный linpack.
Вам действительно нужен код "бесплатно для коммерческого использования"? или вы можете использовать код GPL / BSD?
Есть несколько хороших библиотек линейных алгебр BLAS (от которых зависит HPL для получения высокой производительности), например, ATLAS, GOTOBlas. Они приходят с исходным кодом.