Не комментируя ваше восприятие относительных преимуществ Java и Clojure, и предполагая, что вы сделали хотя бы какой-то микропроцессор для проверки того, что это предположение имеет некоторый шанс быть верным, то правильный подход, по-видимому, состоит в том, чтобы оставить Java только для частей, которые требуют оптимизации.
Классы, отвечающие за числовой код и вычисления, должны быть написаны на Java, а все остальное на Clojure. Я бы даже выбрал более агрессивный подход и просто спроектировал бы классы так, чтобы они могли быть написаны на Java, но на самом деле записал бы их в Clojure и переписал бы их на Java, если производительность окажется проблемой.