Вопрос довольно короток в деталях (это веб-сервер, что такое сервер? И т. Д.), Но я сделаю удар, основываясь на том, что, как мне кажется, вы пытаетесь сделать.* Одна вещь, которую вы могли бы рассмотреть, это сделать захват и обработку одновременно.Если пользователь запускает ваше клиентское приложение, сделайте так, чтобы он выполнял захват и обработку через DirectShow.Тогда все, что вам нужно сделать, это загрузить видео, и вы можете пропустить весь процесс сервера.Это предполагает, что «пользователь» находится под вашим контролем - что это не какой-то случайный человек, загружающий видео, а сотрудник или кто-то другой, кому доверяют.
Если это не так, то ffmpeg, безусловно, может использоваться для добавления водяных знаков на видео на вашем сервере.Вам не нужны «обертки» для этого.Вы можете просто вызвать его как приложение командной строки из своего серверного приложения и дождаться его завершения.
Процесс действительно не настолько сложен ... его детали, которые будут иметь значение(например, что для вас означает «поток»? Вы действительно имеете в виду «поток» или это через http? Это огромная тема)