если вы используете якорь в элементе li, вы должны иметь их оба, если это всего лишь ссылка, передайте ей свойства display, height и width через CSS.
display:block;
height:xpx;
width:xpx;
Это происходит потому, что вы, вероятно, не наводите курсор мыши на текст внутри якоря, а где-то рядом, в то время как браузеры IE отображают якорь, который имеет: hover псевдокласс только для текста, когда нет размера и свойств отображения.