Я думаю, вы могли бы сделать
[line for (time,line) in sorted(zip(listofTimes, listofLines))]
Но если у вас есть (или вы можете написать) функцию для автоматического извлечения времени из строки,
def extract_time(line):
...
return time
Вы могли бы также сделать
listofLines.sort(key=extract_time)
или, если вы хотите сохранить исходный список без изменений,
sorted(listofLines, key=extract_time)