Я уже сталкивался с этой же проблемой ранее (не знаю, почему, поскольку это, конечно, не происходит во всех моих проектах). Следующее исправило это для меня (где $ file_name - имя файла):
$ext = end(explode('.',$file_name));
$config['file_name'] = basename($file_name,'.'.$ext);