Причина, по которой дифференциалы не работают, заключается в том, что SharePoint не может найти файл spbrtoc.xml. Этот файл записывает историю созданных резервных копий и обновляется всякий раз, когда вы выполняете резервное копирование. Переименование каталога резервного копирования не позволяет SharePoint найти этот файл, поэтому он не может определить, как выполнить различие.
Я бы настоятельно рекомендовал поискать в Интернете сценарии резервного копирования SharePoint, поскольку многие другие пошли по этому пути, и вы сможете адаптировать то, что они сделали. Вот несколько ссылок, которые я нашел:
Статьи Technet в разделе Резервное копирование и восстановление фермы также могут быть полезны. Удачи!