Поскольку Git идентифицирует файлы, хэшируя их содержимое, действительно идентичные файлы никогда не будут сохранены дважды.
То, что вы видите, может быть признаком различий в конце строки между репозиториями. Трудно дать точный совет, не зная больше о ваших настройках, но чтение параметров конфигурации Git core.autocrlf
и core.safecrlf
может вам помочь.