В общем, если то, из чего вы читаете, дает вам целые байты, тогда вам не нужно беспокоиться о порядке битов, составляющих эти байты: важен только порядок байтов, так как Вы правильно предполагаете.
Время, когда вам, возможно, придется беспокоиться об «порядковости» отдельных битов, - это когда вы фактически читаете / записываете поток битов, а не целые байты (например, если вы писали алгоритм сжатия, работающий на уровне бит вам нужно будет решить, в каком порядке записывать биты).