Вы можете иметь файлы в хранилище, зафиксировать их, затем добавить их в .gitignore и затем удалить их из следующего коммита.
Вы все равно можете извлечь файлы непосредственно перед фиксацией (возможно, пометитьс чем-то таким, что его можно получить по имени немного проще), и это сохранит состояние файла, но не сделает его легко редактируемым в хранилище случайно.
Чтобы получить доступ к этим файлам после извлечения клона,просто напишите грабли, которые выбирают их для пользователя вашего хранилища.