Мне показалось, что слайды на http://www.coreservlets.com/ очень полезны при попытке ознакомиться с EJB3 / Hibernate и JSF. Полный и все же достаточно простой, что вы не будете переполнены страницами и страницами примера кода. Хотелось бы, чтобы у них было что-то подобное для MFC.
У них есть материалы о Hibernate, я бы обязательно посмотрел их.
Что касается проблемы с JBoss, интересно, если вы планируете перейти к EJB3 позже. Работать с базовой конфигурацией несложно, и, кроме того, она основана на Tomcat.
Тем не менее, если вы новичок в Hibernate, я определенно проверил бы его сначала в JavaSE, а затем пошел бы с ним на сервере (Tomcat или что-то еще).