.import
не поддерживает изменение формы входа (кроме настройки разделителя).Вам нужно импортировать файл CSV во временную таблицу и вставить его в реальную таблицу.Вот пример сеанса:
$ cat a.csv
1,2
3,4
5,6
$ sqlite3 a.db
SQLite version 3.6.23.1
Enter ".help" for instructions
Enter SQL statements terminated with a ";"
sqlite> create table foo(id integer primary key,x,y);
sqlite> create temp table footmp(x,y);
sqlite> .separator ,
sqlite> .import a.csv footmp
sqlite> select * from footmp;
1,2
3,4
5,6
sqlite> insert into foo(x,y) select * from footmp;
sqlite> select * from foo;
1,1,2
2,3,4
3,5,6
sqlite> drop table footmp;
Вы видите, что ID подсчитан.Это связано с тем, что столбец с типом INTEGER PRIMARY KEY рассматривается как псевдоним для внутреннего ROWID, который всегда является уникальным возрастающим числом.