Ваши причины кажутся правдоподобными, но я думаю, что их будет трудно устранить, добавив больше кода, особенно первые две причины. Я думаю, что вам нужно будет сделать еще несколько устаревших способов устранения неполадок, чтобы вы могли повторить проблемы, с которыми сталкиваются ваши пользователи.
Возможно, в веб-приложении есть "Проблемы с запуском"? ссылка, которую пользователь, столкнувшийся с одной из первых двух проблем, мог использовать для сообщения о проблеме, потому что он должен иметь возможность легко определить, что приложение не запустилось.
Чтобы устранить третью причину, не подключайте сами приложения непосредственно к базе данных, а вместо этого только им сообщайте через HTTP веб-приложение, запустившее JNLP, - вы можете быть разумно уверены, что они имеют связь с этот сервер. Затем попросите это веб-приложение вставить соответствующие записи базы данных.