Добавьте строку в ваш app.config в элементе configSections
<configSections>
<section name="log4net"
type="log4net.Config.Log4NetConfigurationSectionHandler, log4net, Version=1.2.10.0,
Culture=neutral, PublicKeyToken=1b44e1d426115821" />
</configSections>
Затем добавьте раздел log4Net, но делегируйте его в настоящий файл конфигурации log4Net в другом месте ...
<log4net configSource="Config\Log4Net.config" />
В коде приложения при создании журнала напишите
private static ILog GetLog(string logName)
{
ILog log = LogManager.GetLogger(logName);
return log;
}