Звучит так, как будто что-то происходит во время обработчика событий GotFocus (или глубже в стеке вызовов), который передает фокус другому элементу управления.
Возможно, вы захотите попытаться установить точку останова в вашем обработчике событий LostFocus, а затем посмотреть на стек вызовов, чтобы увидеть, устанавливает ли что-либо фокус в другом месте прямо или косвенно.