Вы можете экспортировать как файл .mov, используя Flash UI через File -> Export -> Export Movie. Эта функция была довольно плохой (и, возможно, не существующей) в предыдущих версиях Flash, но я заметил, что она значительно улучшилась в последних версиях.
Если ваша анимация основана на ActionScript, укажите время, а не «Когда достигнут последний кадр» для продолжительности.
Что касается автоматизации, я не уверен, что вы можете сделать здесь; Я не думаю, что это возможно.