Возможно, вы сможете что-то с этим сделать, используя ColorTransform , но это сработает только в том случае, если части вашей анимации разделены таким образом, что каждый цвет будет преобразован индивидуально.
Кроме этого, вы можете реализовать алгоритм, который вручную копирует и преобразует каждый кадр как BitmapData.Но, в зависимости от размера анимации, это может значительно замедлить процесс.