Нет, вы не можете этого сделать.
В суперпроекте путь к подмодулю - это реальный объект, который содержит коммит в подмодуле, который должен быть извлечен. Это не дерево (оно называется gitlink ), поэтому вы не можете поместить в него какой-либо контент.
Возможно, вы сможете что-то запутать с помощью символической ссылки; в противном случае вам, вероятно, нужно посмотреть, чтобы субмодуль мог ссылаться на файлы конфигурации вне себя.