Техника, которую вы используете, называется отслеживанием пуль.Нет реального способа отследить, какой код выполняется и когда он находится внутри php-файла (например, точки останова), но вы можете точно определить точки ошибок в строках кода, как это предусмотрено отладчиком php.
Когда выполняются запросы AJAX, выможет отслеживать прогресс через XMLHttpRequest States .Чтобы проверить заголовки и полезную нагрузку отправляемых пакетов, вы можете использовать Firebug в Firefox 3.6.x, встроенную консоль разработчика Firefox 4 Beta или консоль разработчика Google Chrome.(Снифферы пакетов тоже работают)