Да, вы можете делать именно то, что вы просите, с файловой иерархией, которую вы нарисовали. Репо-Б будет независимым и не будет знать о Репо-А. Repo-A будет отслеживать все изменения в своих собственных файлах и файлах Repo-B.
Однако я бы не рекомендовал это делать. Каждый раз, когда вы изменяете файлы и фиксируете их в Repo-B, вы должны будете фиксировать их в Repo-A. Ветвление в Repo-B будет мешать Repo-A, а ветвление в Repo-A будет проблематичным (проблемы с удалением папок и т. Д.). Субмодули, безусловно, путь.