Как вы уже знаете, как использовать CC.Net, CC.NET может запустить любую задачу сборки, которая выводит XML. Почему бы просто не использовать CC.NET с ant для своего кода Java, а также кода C #.
Или вам нужно собрать ни на одной машине Windows? CC.NET может работать с моно, я не проверял.
Помните, что любая установка непрерывной интеграции, которая компилирует весь ваш код и выполняет ваши модульные тесты, дает вам большие преимущества В большинстве проектов, имеющих идеальную настройку, можно получить меньшее улучшение по сравнению с непрерывной интеграцией, которая работает. Поэтому я бы просто выбрал то, что вам нравится, и начал бы использовать его сейчас .