Вы можете использовать .htaccess и mod_rewrite для перенаправления запросов в php-скрипт. Попробуйте поискать в Google, и вы найдете много примеров.
.htaccess пример содержимого:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine on
RewriteRule ([0-9a-z-_]+)\.swf$ checkForAuth.php?&file=$1 [L]
Это вызовет checkForAuth.php, когда кто-то попытается получить доступ к файлу * .swf. В checkForAuth.php вам нужно проверить сеанс, прочитать содержимое из $ _GET ['file'], установить правильные заголовки (тип содержимого для flash) и вывести содержимое запрошенного SWF-файла.