С этой страницы кажется, что Doxygen отлично поддерживает парсинг *idl и *.odl файлов.Может быть, у вас есть проблемы с форматом комментариев?
В любом случае, я бы посоветовал вам не разбирать как *.idl/*.odl файлы, так и сгенерированные .h файлы.Последние по определению генерируются и представляют те же классы, что и классы, определенные в файлах *.idl/*.old.
Парсинг обоих аналогичен двойному документированию одного и того же набора классов, что, очевидно, не очень хорошая идея.