Хотя во время установки существует вероятность, что что-то пойдет не так, это можно уменьшить с помощью резервных копий. Единственное, что я мог представить на стороне php, это определение метода - если кто-то определил метод с точным тем же именем предопределенного mod_gd, он сломается.
Если вы хотите быть действительно уверенным: получите полную резервную копию рабочего сервера, установите его на виртуальную машину и протестируйте добавление поддержки GD. Если он не прервет установку виртуальной машины, он также не сломает производственный сервер.