Используйте DOM и XPath, он игнорирует комментарии:
$doc = new DOMDocument();
$doc->loadHTML($htmlstring);
$xpath = new DOMXPath($doc);
$result = $xpath->query('//a[contains(@href, "mywebsite.com")]');
if (!$result->length) echo "You've been cheated\n";
И затем, если вы все еще хотите знать, закомментирован ли ваш сайт
if (strpos($htmlstring, 'mywebsite.com') !== false && !$result->length)
echo "Your partner is hiding your link in a comment, sneaky bastard\n";