Тот факт, что FlashBuilder создает целый проект, на самом деле не имеет значения.Я обычно создаю проект Actionscript и использую основной класс как точку входа в набор классов, которые я хочу создать.
В свойствах проекта я добавляю папку в исходный путь, и внутри этой папки я создаю пакеты, с которыми хочу работать
source directory //added to the source path
com/ // the set of classes i'm working on
mydomain/
mainpackage /
Таким образом, мои занятия полностью независимымой проект.