Это зависит от того, говорите ли вы о шифровании или кодировании MTOM. Если вы говорите о шифровании, то, скорее всего, вы ищете решение WS Security. В этом случае PyXMLSec является хорошим вариантом для шифрования XML и цифровых подписей. Тем не менее, я бы предостерег от использования XML Encryption, поскольку он не работает. Вместо этого вы можете использовать GPG шифрование или что-то подобное.
Если вы говорите о кодировке MTOM, то я не думаю, что есть готовое решение для выполнения того, что вы просите, но это не должно быть так сложно. MTOM использует вложения MIME для отправки двоичных данных. Вы должны иметь возможность использовать встроенный в Python пакет email.mime для создания сообщений MIME.