На самом деле я разобрался.Вот код, если кому-то интересно:
dib = FreeImageAPI.FreeImage.LoadEx("C:\\title_selected.png");
dib = FreeImage.ConvertColorDepth(dib, FREE_IMAGE_COLOR_DEPTH.FICD_04_BPP);
byte[] Transparency = new byte[1];
Transparency[0] = 0x00;
FreeImage.SetTransparencyTable(dib, Transparency);
FreeImage.Save(FREE_IMAGE_FORMAT.FIF_PNG, dib, "C:\\title_selected1.png", FREE_IMAGE_SAVE_FLAGS.DEFAULT);
Результирующее изображение - 4-битный прозрачный PNG!