Ну, сам PowerShell не даст вам особой помощи. Вы не упоминаете, какая версия SQL, поэтому я буду немного обобщен.
Действительно, все, что вам нужно сделать, это скопировать в файл сценария необходимые DLL-файлы для ваших хранимых процедур CLR - PowerShell может копировать файлы как маньяк, так что никаких проблем нет. Затем вам нужно выполнить инструкцию CREATE ASSEMBLY в SQL. PowerShell изначально не может помочь с этим. Если вы используете SQL 2008, ваш сценарий может Add-PSSnapin провайдера SQL-командлетов, который даст вам командлет, способный выполнять SQL-запросы - так что вы получите свой оператор CREATE.
Если у вас нет 2008, вам придется написать короткую подпрограмму .NET для создания SqlConnection и SqlCommand - не сложно, и вполне возможно в PowerShell.
Далее, используйте ту же технику, чтобы выполнить оператор CREATE PROC, чтобы фактически создать сохраненный процесс, используя вышеупомянутую сборку.
Зат помогите? Жаль, что нет ничего более автоматизированного, правда. Я не думаю, что MS не потратила много сил, чтобы упростить сложные средства развертывания SQL такого рода, а CLR добавляет немного изящества, так как вам нужно сделать сборку доступной.